Aby mieć pewność, że dezynfekcja będzie mieć pożądane działanie bójcze, należy wykonywać ją zgodnie z zalecanymi zasadami. Na co warto szczególnie zwrócić uwagę?
Najczęstszy błąd, jaki może pojawić się przy dezynfekcji powierzchni, to zbyt krótki czas kontaktu powierzchni z płynem, niezbędny do osiągnięcia efektu bójczego. Przed przystąpieniem do dezynfekcji powinno się zatem dokładnie zapoznać z zaleceniami zawartymi na etykiecie produktu. Optymalny czas, przez jaki powierzchnia powinna mieć kontakt z preparatem, jest zawsze wyszczególniony – w przypadku profesjonalnych preparatów dezynfekujących powinno to być 30–60 sekund. Ważna jest także odpowiednia ilość płynu. Przez cały zalecany czas trwania dezynfekowania powierzchni, powinna ona pozostać wilgotna – później można już ją wytrzeć do sucha lub pozostawić do wyschnięcia.
Niektóre preparaty dezynfekcyjne mają również właściwości myjące – emulgują zabrudzenia i można je stosować do jednoczesnego mycia i dezynfekcji. Mimo to wskazane jest umyć blat przed zdezynfekowaniem z wyjątkiem sytuacji, kiedy blat jest potencjalnie skażony, np. jajkami (czyli pałeczkami salmonelli), mięsem drobiowym (czyli np. pałeczkami Campylobacter). Wtedy lepiej spryskać powierzchnię, odczekać, aż zarazki zostaną unieszkodliwione, a następnie dopiero standardowo umyć blat.
Preparat do dezynfekcji powierzchni należy rozprowadzać czystą gąbką, ścierką lub najlepiej jednorazowym ręcznikiem papierowym. Jednak najlepszym sposobem rozprowadzania jest po prostu aerozol – należy jak najdokładniej spryskać powierzchnię i odczekać, aż substancja zadziała. Po zdezynfekowaniu np. desek do krojenia lub innych przedmiotów mających kontakt z żywnością, zaleca się spłukanie ich po zdezynfekowaniu wodą pitną.